Biohügieenikotiga töötamise protseduurid hõlmavad standardiseeritud toiminguid ja parimaid tavasid, mille eesmärk on tagada bioloogiliselt ohtlike jäätmete ohutu kogumine, käitlemine ja likvideerimine, vähendades inimeste tervisele ja keskkonnale tekivaid riske. Esimene samm õige kasutuse tagamisel on sobiva kotitüübi valimine jäätmete kategooria alusel: nakkavate jäätmete (nt saastunud kindad, tampoonid) puhul piisab standardsest 4 mil HDPE biohügieenikotist; teravate esemete (nt nõelad, skalpellid) puhul on vajalik paksem, 6 mil pikkuse vastu kindel kott tugevdatud põhjaga; vedelate või poolvedelate jäätmete (nt veri, rakkude kasvatuse toitkeskkond) puhul on vajalik lekkekindel kott turvalise soojussuletisega. Enne kasutamist tuleb kott kontrollida vigade suhtes, näiteks rebendite, augude või nõrkade kohtade suhtes – kahjustatud kotte tuleb viivitamatult ära visata, et vältida lekkimist. Kotti täites on oluline vältida ülekoormamist, kuna see võib kompromisseerida kotti struktuurilist terviklikkust. Soovituslik täitmistasand on kõige rohkem kaks kolmandikku kotti mahust, mis võimaldab lihtsat sulgemist ilma materjali venitamata. Täitmise ajal peaksid kasutajad kandma sobivat isikukaitsevarustust (PPE), sealhulgas nitriilkäte, näomaske ja laborikatet, et vältida ohtlike sisuainete otseseid kokkupuuteid. Pärast täitmist tuleb kott korralikult suletud saada: sidemetihvtiga kottide puhul tuleb teha kindel sõlm ja lisada teine sideme 5 cm esimesest kõrgemale, et luua topelttihvt; sülme kinnitusega kottide puhul tuleb veenduda, et sülme on täielikult suletud, ning suruda mööda kogu pikkust, et kinnitada tihedat tihendit; soojussulguvate kottide puhul tuleb kasutada soojussulgestit, mille temperatuur on seadistatud tootja soovituslikule tasemele (tavaliselt 180–200 °C), et luua püsiv, lekkevaba tihend. Kui kott on suletud, tuleb sellel olla kleeps, millel on olulised andmed, sealhulgas kogumise kuupäev, jäätmete tüüp (nt „Nakkav jäätmete“), osakonna või asutuse nimi ja kogumise eest vastutava isiku nimi. Märgistatud kotte tuleb edasi transportida määratud biohügieenijäätmete hoiukohta – see ala peab olema hästi ventilatsiooniga, lukustatud ja märgistatud biohügieenimärkidega ning peab olema eraldi üldiste jäätmete ladustamisalast. Ladustamisaeg ei tohiks ummistuda 72 tunni pikkust temperaatrilimate ilmastikes, et vältida mikroorganismide kasvu. Lõplik likvideerimine sõltub kohalikest eeskirjadest: levinud meetodid hõlmavad põletamist litsentseeritud rajatistes (nakkavate ja patoloogiliste jäätmete puhul) või autoklaaviimist (jäätmete puhul, mida saab enne likvideerimist steriilida). Reaalne rakendus on diagnostiline labor, mis kehtestas range biohügieenikoti kasutamise protokolli COVID-19 testimise proovide käitlemiseks. Treenides personali õige kotti valiku, täitmise, sulgemise ja märgistamise osas, suutsid laboratoorium elimineerida kõik proovilekkimise juhtumid transpordi ajal jäätmete likvideerimise rajatisele, tagades nii CDC suuniste järgimise. Organisatsioonidele, kes soovivad oma biohügieenikoti kasutamise protseduure luua või täiustada, on oluline ligipääs üksikasjalikele koolitusmaterjalidele ja tootejuhenditele, ja huvitatud pooled on oodatud meiega võtma ühendust personaalseks toeks ja ressursside saamiseks.